A Cripta foi construída por Dom Antônio Zatera na última grande reforma, foi após a construção do Altar Mor que foi criada a Cripta lá são enterrados apenas Bispos hoje temos dois enterrados lá Dom Antônio Zatera e o restos mortais de Dom José Domingos de Almeida  este tinha sido sepultado no cemitério e apenas após a construção da Cripta.